3Dビュー上にうきわのようなマークが表示されていると思います。
これは3Dビュー上でのカーソルで、操作の基準(ピボット)とすることが出来ます。拡大縮小、回転等で強さを発揮します。
クリックで移動させることが出来るほか、Nキーで表示される3Dカーソルから直接座標指定が出来ます。座標はグローバル座標で管理されています。
基準として各種操作を行うことがメインの使用方法ですが、その前に3Dカーソルを的確に動かす必要があります。
[Shift + S] -> [カーソル -> 原点]
[Shift + S] -> [カーソル -> 選択物]
選択物に移動との違いは、最後に選択された物に移動します。
[Shift + S] -> [カーソル -> アクティブ]